Navnet Sakskøbing har faktisk ikke noget med sakse at gøre, selvom der indgår hele to fåresakse i byvåbnet. Istedet mener eksperterne, at "Saxi" enten er et olddansk mandenavn eller navnet på det smalle stykke fjord ind mod åens munding. Byen omtales første gang som "Saxakopingh" i Valdemars Jordebog fra 1240. I 1270 omtales byen tillige som købstad.